Tecnicamente è possibile, ma la stessa microsoft consiglia di procedere ad un' installazione ex novo, cioè previa formattazione del disco ed utilizzo di un file system NTFS e non FAT 32.
Personalemnte ti consiglio di fare un backup generale di tutti i tuoi dati e di formattare tutto. Al momento dell' istallazione di Win 2000 converti il file system da FAT 32 a NTFS, installa il SP4 e tutte le patch di sicurezza sinora rilasciate e vedrai che tutto funzionerà per il meglio.
Come browser, in alternativa a IE6, ti consiglio Firefox.