Non ho capito bene la tua richiesta: a te interessa poter utilizzare le classi contenute nel JAR all'interno della tua applicazione o poter avviare l'applicazione contenuta nel JAR dalla tua applicazione?

Se il tuo problema è il primo (utilizzare delle classi contenute in un JAR, senza inserire questo JAR nel classpath) la soluzione è semplice: puoi, semplicemente, scompattare il JAR all'interno della cartella della tua applicazione e poi puoi usare l'import tranquillamente.

Se il tuo problema è il secondo, è sufficiente avviare l'applicazione utilizzando il classico Runtime:
codice:
String [] rigaComando = {"java","-jar","nomedeljar.jar"};
Runtime.getRuntime().exec(rigaComando);
Dove al posto della stringa "nomedeljar.jar" devi inserire il nome del JAR.


Ciao.