codice:
<?
$rep=opendir('.');
while ($file = readdir($rep)) {
	if($file != '..' && $file !='.' && $file !=''){ 
		if (is_dir($file)){
			echo "";
			echo "<img src=\"images/cartella.jpg\">";
			echo "<a href=\"$file/\" target=_blank>$file</a>";
			echo "
";
		}
	}
}
echo "
";
$rep=opendir('.');
while ($file = readdir($rep)) {
	if($file != '..' && $file !='.' && $file !=''){ 
		if (!is_dir($file)){
			echo "";
			echo "<img src=\"images/pagina.jpg\">";
			echo "<a href=\"$file\" target=_blank>$file</a>";
			echo "
";
		}
	}
}


closedir($rep);
clearstatcache();
?>

in questo modo ti mette prima le cartelle e poi i file, al posto delle immagini puoi mettere quello che ti pare...