ciao
potresti fare 2 cose, x nn far vedere la differenza di altezza;

1)NON colorare in maniera differente i due DIV, ma usare 1 solo colore;
2)se proprio vuoi distinguere le 2 aree, dovresti usare una immagine di sfondo, cioè:
se la larghezza totale del tuo DIV#container è di 700px, ed hai stabilito che x la colonna del menu (sx) ti ci vogliono 150px,
devi crearti una immagine gif della larghezza totale di 700px X 20px (ma è solo 1 esempio).
a sua volta la devi dividere in 2 rettanfoli colorati:
150px (che sarebbe il tuo menu di sx) di colore a tua scelta;
quella di dx (contenuti) di 700px - 150px, cioè: 550px (colorato a tua scelta).
Nel file CSS, al DIV#container vai a scrivere in questo modo:
background:url(sfondo.gif);
Dovresti ottenere quello che volevi.
Posta ancora se hai problemi e spero di essere stato kiaro.