posso fare un applet che contenga solo funzioni?
No, java e` un programma a parte. Non puoi usarlo come si usa una funzione JS.
Se decidi di usare le applet, inserisci un oggetto esterno in una pagina, che ha vita propria (come inseriresti un brano musicale).

In questo sito le applet sono trattate nel forum "programmazione". Fatti un giro da quelle parti per capirci un po' di piu`.

Oppure distribuisci il codice offuscato, come dice Xinod, ma non aspettarti una protezione vera: qualsiasi codice JS puo` venir decriptato.
Ci sono bei programmini di pretty-printing che danno una mano a deoffuscare.