Per la domanda numero 1:
codice:
Thread.sleep(n_millisecondi);
n_millisecondi è il numero di millisecondi che vuoi di pausa.

Per la seconda domanda non c'è una risposta: la pulitura della consolle è platform dependent e questo significa che non esiste nessuna istruzione portabile (Java) a disposizione. Puoi realizzare ad esempio un BAT che lo faccia e avviare quel BAT da Java:
codice:
File BAT:
@CLS

All'interno di Java:

try {
   Runtime.getRuntime().exec("nomefile.bat");
} catch (Exception e) {}
dove "nomefile.bat" è il nome del file .BAT scritto sopra.


Ciao.