Se vuoi programmare a oggetti bene installa la 5.0, le modifiche vere in quell'ambito sono li'. Occhio a leggerti per bene le differenze con la 4. Se non hai voglia di farlo o pensi di avere problemi con script vecchi, installa la ultima 4.x (che ora se non erro e' la 4.3.9)

Per il timeout: hai sostituito la php4ts.dll e il php.ini nella directory di windows con le versioni aggiornate?