Hai provato a riaprire la popup da finestra2? (non occorre ricaricare).

Esempio:
finestra1:
window.open('qualcosa.htm', 'popup', 'eventuali_parametri');

dal documento "qualcosa" (presente nella popup) window.opener fa riferimento alla finestra1

DOPO (in un tempo successivo) fai da finestra2:
window.open('', 'popup');

ora dal documento presente nella popup window.opener fa riferimento alla finestra2