Trasferisci tutto il contenuto del vecchio dominio al nuovo.
Lascia l'intero contenuto del vecchio dominio strutturato così come è ma per ogni pagina inserisci un Errore 301 verso la nuova pagina.

In tempi più o meno brevi avrai che qualsiasi spider sarà istruito sulla struttura del nuovo sito e potrai rimuovere il vecchio (o eventualmente lasciarlo nello stato in cui si trova).

Questo ovviamente solo per ciò che riguarda il trasferimento.
A trasferimento avvenuto potrai riprendere le normali attività di aggiornamento ed ottimizzazione del nuovo dominio.