Scusa ti sei un po ingrovigliato..Cmq la soluzione tua potrebbe essere quella in installare linux su IDE e poi ricompilare il kernel con il supporto al disco serial ata; in questo modo linux vede questo disco e quindi di conseguenza anche lilo e cosi tu risolvi tutti i tuoi problemi..

Spero di aver capito corratamente la tua situazione HW.