wine fa solo da "tramite" per aprire file exe..

te prendi il file exe e lo apri con wine..se ad esempio è un file di installazione si avvia il setup

nella cartella .wine della tua home troverai il file di configurazione dove dovrai sistemare qlks tipo la versione di windows ke desideri usare (decommenta "Windows" "win98") e poi i programmi ke installi!