Non so se ho capito.
Vuoi che il numero che inserisci sia "nuovo" per il vettore, cioe` non sia ancora compreso tra quelli del vettore?
Devi fare un loop: non c'e` in JS una funzione che cofronta array.

data una matrice a2, puoi procedere cosi`:
codice:
var rn;
while (1) {
  var ok = true;
  rn = Math.floor(Math.random()*90);
  for var(i=0; i<a2.length; i++) {
    if(a2[i] == rn) {
      ok = false;
      break;
    }
  }
  if(ok) break;
}
a2.push(rn);
Nota: se a2 contiene 89 o piu` numeri diversi prima di arrivare a questa routine, le routine non esce piu`.