Mi risulta che devi intervenire a livello di codice Perl.
Il Perl ha varie istruzioni per chiamare eseguibili esterni:
system, exec, eval, `...` (apici indietro), e forse altre

Se ricordo bene, system attende il ritorno del controllo, prima di procedere con il resto del programma (e tra l'altro puo` analizzare il codice di ritorno dell'eseguibile chiamato).