Ciao,
sì è necessaria un'applicazione sul server.

Gli encoder più conosciuti

Ioncube (a pagamento, solo il compilatore di bytecode è gratuito)

Zend (ovviamente a pagamento)

Turck MMCache (gratuito ma momentaneamente non aggiornato, il creatore è andato a lavorare per Zend e si sta cercando qualcuno in grado di riprendere il lavoro)