Ciao, non sono riuscito a capire dalla tua mail se il dump del db stai cercando di farlo per esempio con phpmyadmin: se fosse così io mi sono trovato in una situazione simile e ho avuto il tuo stesso problema.
Riuscivo a fare il backup (un file di oltre 100MB) ma poi non riuscivo a ripristinarlo tramite la stessa interfaccia.
Ho scritto allora questa piccola procedura che apre il file, ricompone le query divise su più righe (tipo quelle per creare le tabelle) e gliene facevo eseguire una alla volta. Così non ho riscontrato nessun problema e in pochi minuti ho ripristinato un db da oltre 200.000 righe.