Vi ringrazio tutti...però forse non mi sono spiegato bene io.
Io devo lanciare un script che, supponiamo, contiene i seguenti comandi:

iptables -F
iptables -A FORWARD -i eth0 -j DROP

Questi comandi possono essere lanciati solo da root e, anche se impongo il bit di suid (con "chmod +s") allo script, il CGI non ha il permesso di eseguire tale script...

Per questo vi chiedo come posso sproteggere APACHE...

Se comunque qualcuno aveva inteso bene il mio problema, lo prego di riproporre la sua risposta in un modo un pò più specifico e comprensibile...Grazie a tutti.