A che ti serve che il nome sia uguale per tutte?

Se devi scegliere UN SOLO oggetto, fai meglio ad usare un radio, anziche` un checkbox.

In caso contrario devi dare nomi diversi, altrimenti poi la decodifica sul server diventa complessa.
Ad esempio:
<input type="checkbox" name="chk<%=i%>" value="<%=objRS("EmployeeID")%>">
dove i e` l'indice del loop lato server

Inoltre non hai detto che controllo devi fare.