Non so che dirti, anche io faccio uso di javascript per reindirizzare i pulsanti, ma la sessione non viene persa nenche quando apro una nuova finestra. La variabile $_SESSION continua amantenere i valori corretti a meno che non vengano chiuse tutte le pagine (root e figlie)del browser o venga utilizzato l'unset o il destroy

prova a fare un po' di debug visualizzando il contenuto di $_session nella pagina incriminata partedo dal primo session_start e poi spostandolo scendendo piano piano per vedere di isolare il punto in cui i dati scompaiono