GRUB non è un tipo di filesystem, ma bensi' un bootloader che, di solito, viene installato sul MBR del disco di avvio. Penso che la "regia" intenda ripulire l'MBR da GRUB, cosa che puoi fare con un banale disco di avvio di WIN98 tramite il comando fdisk /mbr.
Prima di lanciarti pero' ti conviene chiedere chiarimenti alla "regia" per essere di sicuro.
Spero di esserti stato d'aiuto.