Al limite se proprio ti da fastidio fai un programma tu che esegue l'installazione del net framework.
Magari lo sviluppi in VB6 (linguaggio abbastanza supportato oggigiorno da una buona parte di pc) compattando tutto quello che serve in un unico exe e facendoti funzioni di autoestrazione dei file (compreso il tuo programma) in cartelle temporanee e poi lo fai partire in maniera invisibile o come figlio dell'installazione del tuo programma.

Mi sembra che oltre al framework tu deva installe prima (x Win 98) l'installer 2.0 e internet explorer 6