Vediamo se ho capito...

io mi sono creato 2 script bash

avvio

#!/bin/bash
/etc/init.d/apache start
/etc/init.d/mysqld start

e l'ho linkato il rc5.d

poi ho fatto

stop

#!/bin/bash
/etc/init.d/apache stop
/etc/init.d/mysqld stop

e l'ho linkato in rc6.d

così dovrebbe andare giusto?