Sì, però devi cambiare la struttura delle cartelle se vuoi che l'installazione parta da dei pulsanti in flash.

Per l'autorun devi creare un file autorun.inf da mettere sul cd, strutturato così

[autorun]
open=file.exe
icon=icona.ico

Da flash i pulsanti dovranno avere una cosa tipo

pulsante.onRelease = function(){
fscommand("exec","nomefile.exe")
}

Siccome questo fscommand ha delle restrizioni, i file da eseguire dovranno essere dentro una cartella di nome "fscommand".

Se fai una ricerca sul forum penso troverai diverse info a riguardo nel caso la spiegazione non ti fosse chiara