Ok, risolto.

Se a qualcuno può essere utile ecco cosa ho fatto: ho installato l'ultima versione del MS Messenger, l'ho avviato e rifiutato la richiesta dell'utente. Ora all'avvio di Gaim non mi compare più la solita finestrella della richiesta di azione.
Si vede che Gaim presenta ancora qualche problema di compatibilità.