Secondo me dipende dalla situazione e anche un po' dall'abitudine...personalmente di solito uso

!nomeVar

e Var

piuttosto che

nomeVar == false

e Var==true

Però magari un caso dove sai che la variabile sarà solo true o false (oppure 0 o 1 ) puoi anche usare == false e == true...non è che cambi moltissimo alla fine, in effetti il ! fa un paio di controlli in più che possono darti maggiore "sicurezza" della "non-esistenza" della variabile, però magari è un po' più lento da eseguire proprio perchè fa qualche controllo in più, ma è giusto una "nota" da "maniaco dell'ottimizzazione", non so quanto possa essere più lento (e nemmeno se lo sia ), è una nota "teorica"