Nel codice postato qui sopra, la varaibile valore e` locale.

Per renderla globale devi definirla fuori dalla funzione, oppure non dichiararla (ma dichiararla fuori e` piu` corretto: almeno sei sicuro di cosa stai facendo).

Comunque per il tuo problema c'e` una soluzione migliore (molto piu` chiara e funzionale):
1. la chiamata:
<input type="submit" name="cerca" value="cerca" onclick="return controllo();">

2. la funzione:
codice:
function controllo(){
  if(document.modulo.codice.value==""){
    alert("avviso")
    return false;
  }
  return true;
}