La domanda e` a mio parere mal posta.
Provo a girarla:
E` possibile eseguire delle funzioni lato server quando una pagina e` stata scaricata quasi completamente, anziche` prima di iniziare lo scaricamento?

Risposta:
Si`, basta che nel CGI prima fai il "print" di tutta la pagina (tranne il </body>), poi fai eseguire il programma del tuo CGI ed infine stampi il </body>.