gli hard disk devo rimanere per forza uno master e uno slave.
Puoi tranqulliamente installare Linux sul secondo, e poi puoi installare un boot loader (lilo o grub) sul disco di avvio (solitamente il master) che ti permetterà di scegliere il sistema operativo.

Quasi tutte le distribuzioni chiedono dove installare il boot loader, basta che gli dici di metterlo su MBE e dovresti essere a posto.