per essere più preciso nel file comandi.txt devi scrivere:

open ftp.miosito.it
nome_utente
password
cd percorso_di_origine(es.cd mdb-database)
get nome_file (es. database.mdb)
quit

mentre nel file batch:
cd\
cd percorso_di_destinazione (es. cd C:\Documents and Settings\fabio\Documenti)
ftp -s:comandi.txt