Il problema e` il doctype strict?

Devi mettere lo script fuori dalla pagina: in un file a parte (consigliato), o fra commenti CDATA:
<script type="text/javascript">
/*<![CDATA[*/

il tuo script

/*]]*/
</script>

naturalmente non devi usare tag o attributi obsoleti, tipo language, tutti gli attributi di formattazione, ecc. font, [b], ...
http://www.w3schools.com/xhtml/xhtml_reference.asp

Per i problemi con i CSS, posta nel forum CSS e XHTML (sotto HTML).