beh, allora sei a cavallo.

Nel tuo script realizza una funzione o un oggetto che effettui le query, così da non chiamare direttamente la fuzione mysql_query. Ad esempio

codice:
function fai_la_query($query)
{
   // 1- memorizzo la query da qualche parte,
   // magari memorizzo l'utente attuale che ho registrato
   // nella variabile $_SESSION['utente']
   registra($query,$_SESSION['utente']);

   //2 - adesso effettuo la query
   mysql_query($query);

}

fai_la _query('SELECT * FROM ....');
ogni volta che eseguirai le query attraverso la funzione fai_la _query() registrerai la query e l'utente che l'ha effettuata