Non so se e` una buona idea (ma dipende dal tuo progetto).
Metti nel body della popup:
<body onblur="self.close();">

In alternativa (a mio parere migliore) dai sempre lo stesso nome alla finestra: ogni nuova finestra andra` a sostituire la precedente.
Nel tuo caso basta che il secondo parametro che passi alla funz. NewWindow() sia sempre la stessa stringa.