Prima di reinstallare win, creati da linux un dischetto di avvio (praticamente crei un dischetto con lilo). Reinstalli win, che cancellerà il tuo mbr per scriverci il proprio.
Infili il dischetto, accedi a linux e reinstalli LiLo sul MBR.

Ovviamente devi abilitare l'avvio del pc da floppy.

Bye