se a questi file puoi aggiungere un suffisso es
suffisso_nomefile.txt

e poi quando ci fai le operazioni lo richiami con
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'path/suffisso_'.$_GET['file']

non dovresti correre nessun problema
magari prima di tutto puoi anche fare il controllo se il file esiste e se non esiste mandi un errore tipo

Maledetto lammer che ca..o vuoi