manca un backslash:
codice:
function perjav(valore) {
  valore=valore.replace(/\./g,"");
  valore=valore.replace(/,/g,".");
 return valore;
}
o, se vuoi farla concisa:
codice:
function perjav(valore) {
  return valore.replace(/\./g,"").replace(/,/g,".");
}