io di solito lascio lo scroller al frame dove ci sono i contenuti veri e propri del sito...
dato che non ho visto il tuo sito...posso solo consigliarti come avrei fatto io in un caso come al tuo....no scroller al frame di sopra col menu...se ha dimensione fissa in pixel..il frame non si ridimensiona...mentre se l'altro frame è a dimensione variabile (*)...lì converrebbe attivare lo scroller.

Ciao!

P.S.: magari passaci il link così ci rendiamo meglio conto