La soluzione più sicura, a mio avviso, è quella di costruire una "barriera" lato server, composta anche solamente da una pagina dedicata, alla quale vengano inviati i dati in un formato comprensibile affinchè essa possa, lato server, aggiornare il database sottostante.

Non ritengo il trasferimento FTP del tutto sicuro poichè suppongo che tale database sia utilizzato anche dalle pagine Web del sito stesso; con delle connessioni aperte per elaborazioni, è rischioso sostituire il database sottostante.

Ovviamente, stiamo parlando a livello puramente teorico: come implementare questa pagina è un discorso a parte che riguarda linguaggi lato server per la produzione di pagine dinamiche e altri argomenti correlati che possiamo affrontare una volta stabiliti i pro e i contro di ogni soluzione attuabile.

Ciao!