Puoi benissimo compilare anche da prompt di MS-DOS (se sei dotto Windows) o da Shell (se sei sotto Linux). L'importante è che tu faccia puntare la variabile d'ambiente PATH alla cartella bin della tua JDK.

Supponiamo che tu abbia installato la JDK qui: C:\j2sdk1.4.2\

Istruzioni per Windows (Me/XP):
Clic col tasto destro su Risorse del Computer (si trova sul Desktop)
Proprietà
Avanzate
Variabili d'ambiente
cerchi la variabile PATH e clicchi su Modifica
aggiungi, alla fine, questa scritta:
;C:\j2sdk1.4.2\bin
Confermi il tutto


Ciao.