Io farei una cosa di questo tipo: toglie tutti i gruppi ../ oppure ..\ dalla stringa:
codice:
stringa=stringa.replace(/\.{2}[\/\\]/g, "");
Nel tuo caso /g non serve, perche` cerchi una stringa che non si puo` ripetere.

E comunque se vuoi togliere i gruppi ../ che stanno dopo una determinata stringa (nel tuo caso href=" ), dovresti salvarti il pezzo che togli e rimettercelo nel replace:
codice:
stringa=stringa.replace(/^(href=[\"\'])(\.{2}\/)+/i, '$1');
Nei tuoi codici c'e` un errore nel replace (secondo parametro): non puoi usare il carattere virgolette dentro una stringa limitata dalle virgolette: se devi usare le virgolette puoi limitare la stringa con apici.