Allora, intanto chiariamo un punto: non puoi usare proiettori all'interno di un sito web.
Da un .swf, per aprire un .pdf puoi usare getUrl('file.pdf'), che apre il file nell'Acrobat Reader, oppure come ti ho indicato importi l'swf direttamente nel tuo filmato: questo andrà ovviamente ad appesantire il file .swf, però è praticamente l'unico metodo che hai per incorporare il .pdf nella "tua interfaccia", cioè all'interno dell'swf stesso.