Anzitutto un chiarimento. Vuoi un codice JS (javascript) oppure JSP (java server pages)? le cose sono molto diverse.

Per chiamare dinamicamente uno script, la cosa e` possibile, se non vuoi usare DTD strict, altrimenti diventa complicatissimo.
codice:
<script type="text/javascript">
var variabile = path del file .js

document.write("<scr"+"ipt type='text/javascr"+"ipt' "+
"src='"+variabile+"'>&amp;nbsp;</scr"+"ipt>");
</script>
Da inserire tipicamente nella head del file, e non inserire dentro funzioni.