Sono praticamente la stessa cosa, MSN Messenger 6.2 è più recente e migliore (soprattutto per la gestione di webcam) quindi ti consiglio di disabilitare il "vecchio" Windows Messenger:

Invece di disinstallarlo puoi semplicemente "disattivarlo" (così non rischi di cancellare files che potrebbero servire)

Start - esegui - "gpedit.msc" (senza virgolette) - configurazione computer - modelli amministrativi - componenti di windows - windows messenger - e poi imposti "non consentire l'esecuzione di Windows Messenger" su ATTIVATO ed anche "non avviare automaticamente...." su ATTIVATO

Io ho fatto così e funziona senza alcun problema