Dipende dalla quantità di dati che devi sincronizzare.
Se i dati sono poche migliaia puoi comunque fare il modulo in PHP, altrimenti se i dati sono molti di più ti conviene utilizzare linguaggi tipo Java, Delphi, etc.
Oppure soluzione ancora più sborona puoi utilizzare un file xml per sincronizzare i due database (in ogni caso vale sempre il problema della quantità di dati da sincronizzare).
Per quanto mi riguarda io svilupperei il demone di sincronizzazione con linguaggi "classici"(Java o Delphi), per tutto il resto PHP (e MySQL ovviamente).