E` una cosa che si fa con i CSS.
JS puo` introdurre i tag opportuni.

Occorre "metter mano" al codice del tuo sistema di ricerca: fondamentalmente (per i caratteri a):

str = str.replace(/(a)/ig, "<span class='uu'>$1</span>");

dove la classe uu sara` definita nel CSS:
.uu { text-decoration:underline; }