il link lo fai tipo:

http://www.tuosito.it/tuoscript.php?url=urlcliccato

lo script

<?
// connessione database
// lettura del campo numero click per l'url specificato
$query="SELECT numeroclick from url WHERE url='$url'";
// Incremento di una unita il numero di click per quell'url
$row[numeroclick]++;
// Faccio un update del campo numero click
$nuovaquery="UPDATE url SET numeroclick=$row[numeroclick] WHERE url='$url'";
// restante codice
// E poi fai il redirect
header("Location: ".$url);
?>

l'ho scritto al volo cmq mi sembra chiaro.. non so se funziona ma ho reso l'idea spero