se si tratta di un progetto grande con sviluppi futuri ti consiglio di iniziare con mysqli e php5. Forse adesso non tutti si sentono di consigliarlo in ambienti di produzione ma cmq è sufficientemente stabile per gli utilizzi più comuni.

mysqli è nata dal fatto che mysql ha cambiato un po' di cose per quanto riguarda la comunicazione con le applicazioni, bisognava svilupparne una nuova, e hanno anche deciso di rinnovarla permettendo *anche* un approccio ad oggetti