Ma mentre in windows le cartelle dei siti in locale risiedevano dentro una specifica cartella, qui non so come fare,
di default apache dovrebbe essere configurato sia per leggere la /var/www quando dai l'indirizzo http://localhost/ che con le public_html dentro la home di ogni utente.


E poi al database mysql come ci accedo?
ci puoi accedere ad esempio installando phpmyadmin oppure MySQL Administrator