io ti posso dire come si fa con Adobe PS

in un livello hai l'immagine con la sua area di trasparenza.

dal menù ... Selezione/carica selezione

Poi, dal menù della finestra tracciati selezioni "crea tracciato di lavoro"

Poi assegni un nome al tracciato di lavoro (bisogna farlo altrimenti non vai avanti)

Dal menù della finestra tracciati selezioni "tracciato di ritaglio"

Salvi in formato tiff o eps.

Questo file può essere inserito in un programma d'impaginazione o ri grafica vettoriale e mantiene la trasparenza.
Non so però se fuziona nel passaggio tra vari sw di fotoritocco, devi provare.

Spero di esserti stato utile.