Cercando in giro ho trovato questo:
$query = "LOAD DATA LOCAL INFILE links.txt REPLACE INTO TABLE links
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '\"'
ESCAPED BY '$bs\'
LINES TERMINATED BY '\\r' ";

ecco il codice completo che ho scritto (non funziona... purtroppo)

$del_query = "DELETE FROM links"; mysql_query ($del_query);
$bs = ' \ '; $bs = trim($bs);
$file = "\\links.txt";
$query = "LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE links
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '\"'
ESCAPED BY '$bs\'
LINES TERMINATED BY '\\r' ";
if (mysql_query($query)) {
echo "
OK! Il Database è stato aggiornato correttamente.";
} else
echo "Si è verificato un errore!
";
echo mysql_error();