Uno script non puo` far parte di una pagina XHTML.

Se proprio vuoi mettercelo dentro, devi includerlo fra commenti CDATA, ma i commenti stessi devono stare in un commento del JS, altrimenti il parser JS cerca di interpretarli. Quindi:
codice:
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
... tutte le istruzioni JS ...
//]]>
</script>