Infatti non pensavo ad un problema intrinseco al PHP densi piu legato ai caratteri di ritorno a capo.

Capita per esempio che blocchi inline come gli span se non scritti in linea (consecutivamente) prendano 1px per ogni acapo su alcuni browser (IE mi pare).

Magari potrebbe dipendere da qualcosa che c'è nella parte iniziale dei documenti che stai includendo, del codice php o che so io, forse un esempio di cosa sta in quei file aiuterebbe.

Per esempio se gli include contengono dei form, es un div che contiene un form sono 2 blocchi.